Treći ciklus studija na FSK uključuje:

• studij traje 3 godine
• I godina: 4 nastavna predmeta
• II godina: 2 nastavna predmeta + naučno istraživački radovi i projekti
• III godina: izrada i odbrana doktorskog rada

Studij III ciklusa studija (doktorski studij)  Fakulteta za saobraćaj i komunikacije Univerziteta u Sarajevu ustrojava se kao studij za stjecanje akademskog stepena doktora tehničkih nauka u skladu sa Zakonom o visokom obrazovanju Kantona Sarajevo.